Phytoparasitische Kleinpilze wachsen auf oder innerhalb von lebendem Pflanzengewebe. Es handelt sich demnach um obligat biotrophe Parasiten, deren Überleben nur gemeinsam mit ihren Wirtspflanzen möglich ist. Hierin ähneln sie vielen Schmetterlingen, die als hochspezialisierte Tiere auf bestimmte Pflanzenarten als Nahrung für die Raupen angewiesen sind. Die Arten unterscheiden sich voneinander u. a. durch die Ausbildung des Myzels oder durch die Ausprägung von Strukturen, die der Vermehrung dienen. Oft reagieren die Wirtspflanzen in charakteristischer Weise auf einen Befall und bilden unterschiedlich gefärbte Flecken, Beläge, Krusten, Gallen oder Deformationen aus. Durch solche Veränderungen an den Pflanzen fallen manche phytoparasitischen Kleinpilze besonders auf. Die Kenntnis der Wirtspflanzen ist zugleich eine wesentliche Hilfe für die Bestimmung der Phytoparasiten. Aus Deutschland sind derzeit 1.445 Taxa bekannt, von denen 1.196 hier indigen oder als Archäobiota vorkommen. Sie gehören zu vier traditionellen Gruppen, den „Brandpilzen“, „Rostpilzen“, „Echten Mehltaupilzen“ sowie „Falschen Mehltauen und Weißrosten“. Durch verbesserte taxonomische Untersuchungen und eine erhöhte Aufmerksamkeit für die ökologisch interessante Organismengruppe werden laufend weitere Arten in Deutschland nachgewiesen; die Gesamtzahl wird daher in Zukunft ansteigen.